インボイス制度とは？個人事業主へのメリットや特例措置改正の内容

事業者向けに商品を卸したり仕事を請け負ったりしている個人事業主は、取引先から適格請求書（インボイス）の発行を求められることがあります。適格請求書を発行できるのは制度に登録した事業者だけですが、登録すると消費税の申告と納税の義務が生じます。そのため、特に消費税の納税を免除されている個人事業主は、新たに生じる負担を考慮して、登録するかどうかを判断する必要があります。

この記事では、インボイス制度の概要や目的、個人事業主が登録するメリットや注意点などを詳しく解説します。

インボイス制度とは

インボイス制度とは、事業者間の取引で、消費税がいくらかかったかを正しく共有するための制度です。売り手は、税率や消費税額を書いた適格請求書を買い手に渡し、買い手はそれを保存します。買い手は、この書類を保存していれば、仕入税額控除を適用できます。

インボイス制度の正式名称は適格請求書等保存方式で、2023年10月に始まりました。 

事業者は、税務署に申請してインボイス制度に登録すると、適格請求書発行事業者として適格請求書を発行できるようになります。また、登録した事業者には、「T」と13桁の数字からなる適格請求書発行事業者登録番号が割り当てられます。

仕入税額控除とは

仕入税額控除とは、課税事業者（消費税を納める義務がある事業者）が売上で受け取った消費税から、仕入れや経費で支払った消費税を差し引いて、残りを納付する仕組みです。

適格請求書（インボイス）とは

適格請求書とは、売り手が買い手に、正確な適用税率や消費税額を伝えるための書類のことです。請求書や領収書など、書類の名称にかかわらず、以下の項目が記載されていれば適格請求書として扱われます。

• 発行する事業者の名前と登録番号
• 取引年月日
• 取引内容（軽減税率の対象となる商品は判別できるようにする）
• 税率ごとに分けて合計した金額と適用税率
• 税率ごとに分けた消費税額
• 受け取る事業者の名前

なお、小売業、飲食店業、タクシー業など、毎日多くの客と取引する事業者は、記載事項を一部省略した適格簡易請求書（簡易インボイス）を発行できます。適格簡易請求書では、受け取る事業者の名前の省略や、適用税率または消費税額のどちらか一方のみの記載が認められています。

インボイス制度の2つの目的

1. 正しい適用税率と消費税額の把握

インボイス制度の目的の1つは、取引ごとに適用された税率と消費税額を、売り手と買い手が正しく把握できるようにすることです。2019年に軽減税率制度が始まり、消費税率は標準税率の10%と軽減税率の8%の2つになりました。複数の商品に異なる税率が適用されていても、適格請求書に税率別の商品合計金額と消費税額が書かれていれば、買い手は控除できる消費税額を把握しやすくなります。 

2. 消費税の公平な徴収

インボイス制度のもう1つの目的は、納税されていない消費税が控除されるのを防ぎ、消費税を公平に徴収することです。インボイス制度が始まる前は、免税事業者（消費税を納める義務が免除されている事業者）からの仕入れでも、買い手は支払った消費税を控除できました。しかし、免税事業者は受け取った消費税を国に納めなくてもよいため、実際には納税されていない消費税まで控除されていました。そこで、インボイス制度では、控除の対象を原則として登録した事業者からの仕入れに限定しています。

個人事業主がインボイス制度に登録するメリット

• 取引の継続と拡大が期待できる
• 電子インボイスで書類のやり取りを効率化できる

取引の継続と拡大が期待できる

インボイス制度に登録すると、登録していない免税事業者と比べて、既存の取引を続けやすくなります。適格請求書を発行できるため、取引先の消費税の負担を増やさずに済むからです。税負担を理由に価格の引き下げを求められたり、取引を打ち切られたりするリスクを抑えられます。 

さらに、新規顧客を獲得しやすくなります。事業者の中には、新しい取引先を選ぶ際に、適格請求書を発行できることを条件にしているところもあるからです。なお、登録番号と氏名は国税庁の適格請求書発行事業者公表サイトに掲載されるため、取引先は受け取った適格請求書が有効かどうかを確かめられます。 

電子インボイスで書類のやり取りを効率化できる

電子インボイスを活用することで、適格請求書の受け渡しの際に必要な印刷や郵送の手間を減らせます。電子インボイスとは、紙ではなくデータで発行する適格請求書のことで、PDFやCSVのほか、いくつかの形式があります。中でも、Peppol（ペポル）と呼ばれる国際標準の仕様にもとづいた形式はデジタルインボイスと呼ばれます。デジタルインボイスは、売り手と買い手で利用している会計ソフトが違っていても、受け取った側のシステムで自動処理されるため、手入力の手間も減らせます。 

インボイス制度に登録する際の注意点

• 消費税の納税義務が発生する
• 経理事務の負担が増える
• 登録後2年間は申告義務が続く

消費税の納税義務が発生する

インボイス制度に登録した事業者は、消費税の申告と納税が必要になります。前々年の課税売上高（消費税の対象となる売上の合計）が1,000万円以下の免税事業者や、新たに開業した個人事業主でも、インボイス制度に登録すると課税事業者となります。そのため、登録する際は手元に残る利益への影響を考慮する必要があります。なお、2028年分までは、要件を満たせば納める消費税を軽くできる特例があります。

経理事務の負担が増える

インボイス制度に登録すると、適格請求書の作成、写しの保存、消費税の確定申告書の作成などの業務が増えます。適格請求書の発行や税率ごとの消費税額の計算に対応した会計ソフトやECプラットフォームを利用して作業を効率化し、負担を抑えましょう。たとえば、Shopify（ショッピファイ）では、インボイス制度に対応したアプリを利用することで、適格請求書に必要な項目が記載された領収書を発行できます。

登録後2年間は申告義務が続く

免税事業者がインボイス制度に登録した場合、原則として登録日から2年を経過する日を含む課税期間までは、登録を取りやめても免税事業者に戻れません。課税期間とは消費税を計算して申告する期間のことで、個人事業主の場合は1月1日から12月31日までの1年間です。たとえば、2026年の11月中に登録した場合、2028年分まで課税事業者として申告しなければなりません。そのため、売上の見込みや取引先の状況を踏まえて、登録の時期を判断しましょう。

2026年10月からのインボイス制度の経過措置の内容

• 未登録事業者からの仕入れの控除割合見直し
• 2割特例の終了と3割特例の新設
• 簡易課税への移行の特例

未登録事業者からの仕入れの控除割合見直し

インボイス制度には、登録していない事業者との取引でも、一定の割合を仕入税額控除の対象にできる経過措置があります。2026年度の税制改正で、この経過措置の期間が2年延長され、控除できる割合が段階的に下がるよう見直されました。詳しくは以下の通りです。

• 2026年10月1日〜2028年9月30日：70%
• 2028年10月1日〜2030年9月30日：50%
• 2030年10月1日〜2031年9月30日：30%
• 2031年10月1日以降：控除できない

2割特例の終了と3割特例の新設

2割特例終了後の負担を軽減するため、個人事業主を対象に3割特例が新設されました。2割特例とは、免税事業者がインボイス制度に登録した場合に、納める消費税を売上で受け取った消費税の2割に抑えられる制度で、2026年分まで適用可能です。

3割特例では、2027年分と2028年分に納める消費税を、売上で受け取った消費税の3割に抑えられます。

簡易課税への移行の特例

2割特例や3割特例を使った翌年から簡易課税制度に切り替える場合は、その年の確定申告の期限までに届出書を出せば、その年から簡易課税制度を使えるようになりました。通常は、適用したい年の前年中に届出書を提出する必要があります。

簡易課税制度とは、売上に対する消費税に、業種ごとに定められたみなし仕入率を掛けて、仕入れの消費税を一括計算する方法です。仕入れの消費税を1件ずつ集計しなくて済むため、申告の手間を減らせます。たとえば、小売業のみなし仕入率は80%なので、売上で受け取った消費税が50万円なら、簡易課税で納める消費税は10万円です。

インボイス制度への登録方法

インボイス制度へ登録する流れは、主に以下の通りです。

1. 適格請求書発行事業者の登録申請書を作成する
2. 申請書をe-Taxで送信するか、郵送して提出する
3. 税務署での審査を経て、登録番号の通知を受ける

e-Taxで申請する場合は、マイナンバーカードなどの電子証明書と利用者識別番号を事前に準備しておく必要があります。個人事業主は、スマホからも申請できます。

なお、免税事業者は、2029年9月30日を含む課税期間中であれば、申請書を提出した日から15日以降の日を登録希望日として指定し、年の途中から登録できます。たとえば、2026年11月10日に申請書を提出して12月1日を登録日にした場合、2026年分は12月1日から12月31日までの売上についてだけ消費税を申告し、納付します。

まとめ

インボイス制度は、買い手が控除する消費税を正しく把握できるよう、売り手から受け取った適格請求書の保存を求める制度です。個人事業主がインボイス制度に登録すると、取引先が仕入税額控除を受けられる一方で、消費税の納税義務や経理事務の負担が生じます。

登録は義務ではなく、必要かどうかは主な販売先によって変わります。一般消費者は仕入税額控除を受けないため、B2Cの販売が中心なら、登録していなくても取引への影響はほとんどありません。

B2Bの取引が多い場合は、取引先が適格請求書を必要としているかを確かめましょう。適格請求書の発行を求められた場合は、消費税のしくみを理解し、登録後に納める消費税の額を見積もったうえで、登録を検討してみてください。