De beste boekhoudprogramma’s voor kleine bedrijven in 2026

Een goed boekhoudprogramma bespaart je tijd en geeft je meer overzicht over je administratie. Maar met zoveel verschillende opties kan het lastig zijn om te bepalen welk programma het beste bij jouw bedrijf en boekhouding past.

Boekhoudprogramma’s verschillen niet alleen in prijs, maar ook in functies. Denk aan automatische bankkoppelingen, facturatie, btw-aangifte en integraties met Shopify en andere software. Kijk daarom vooraf altijd goed naar welke functies je nodig hebt.

Om je keuze makkelijker te maken, vergelijkt Shopify vijf van de beste boekhoudprogramma’s voor kleine bedrijven in 2026. Je ontdekt wat ieder programma te bieden heeft en wat de belangrijkste voor- en nadelen zijn.

De 5 beste boekhoudprogramma’s voor kleine bedrijven

1. Moneybird

Moneybird biedt zzp’ers en mkb-ondernemers de mogelijkheid om zelf hun boekhouding bij te houden. Maak en verstuur offertes en facturen in je eigen huisstijl, verwerk bonnetjes en inkoopfacturen en houd je administratie bij via de webapplicatie of mobiele app. Afhankelijk van je pakket kun je ook je bankrekening koppelen en elektronisch btw-aangifte doen.

Daarnaast kun je een Moneybird Betaalrekening openen, die direct is geïntegreerd met je administratie. Nieuwe gebruikers kunnen Moneybird 60 dagen gratis en onbeperkt uitproberen.

Voordelen:

• Geautomatiseerde workflows
• Offertes en facturen maken en versturen
• Btw-aangifte elektronisch indienen
• Optie om een zakelijke betaalrekening te openen
• Koppelingen met andere software
• Gratis toegang voor je boekhouder of accountant

Nadelen:

• Automatische bankkoppelingen zijn niet beschikbaar in de goedkopere pakketten
• Geen telefonische ondersteuning
• Voor bepaalde betaal- en bankdiensten gelden aanvullende kosten

Beschikbaar voor: Webapplicatie (cloud) en mobiele app

Mobiele app: Android, iOS

Prijs: Vanaf € 15 per maand voor het Start-pakket bij jaarlijkse betaling. Er is ook een beperkt Compact-pakket vanaf € 3 per maand.

Gratis proefperiode: 60 dagen

Shopify-app of integratie: Ja

2. e-boekhouden

E-boekhouden heeft overzichtelijke boekhoudsoftware voor zzp’ers en kleine bedrijven. Je kunt er onder andere je boekhouding en facturatie mee regelen en bonnetjes en facturen digitaal verwerken. Ook kun je samenwerken met je boekhouder of accountant en gebruikmaken van verschillende koppelingen met banken en andere software.

Voor startende ondernemers is e-Boekhouden.nl de eerste 15 maanden gratis. Deze periode gaat in vanaf de datum waarop je bedrijf bij de KVK is ingeschreven. Daarna kun je kiezen uit verschillende pakketten, afhankelijk van de omvang van je administratie en of je ook gebruik wilt maken van facturatie.

Voordelen:

• Eerste 15 maanden gratis voor startende ondernemers
• Betaalbaar ZZP-pakket
• Onbeperkt factureren met het ZZP-pakket
• Koppelingen met banken en andere software
• Mogelijkheid om samen te werken met je boekhouder of accountant
• Shopify-koppeling beschikbaar

Nadelen:

• Het ZZP-pakket is beperkt tot 240 boekingen per boekjaar
• Voor onbeperkt boekhouden en factureren heb je een uitgebreider pakket nodig
• De Shopify-koppeling brengt aanvullende maandelijkse kosten met zich mee

Beschikbaar voor: Webapplicatie (cloud) en mobiele app

Mobiele app: Android, iOS

Prijs: Vanaf € 9,95 per maand

Gratis proefperiode: 15 maanden gratis voor startende ondernemers

Shopify-app of integratie: Ja

3. Jortt

Jortt is een online boekhoudprogramma voor zzp’ers en kleine bedrijven dat zich richt op automatisering. De Boekhoudbot verwerkt een groot deel van de administratie automatisch en helpt bij het verwerken van banktransacties. Afhankelijk van je abonnement kun je ook je btw-aangifte en inkomstenbelasting vanuit Jortt indienen en een jaarrekening opstellen.

Jortt biedt verschillende pakketten voor zzp’ers en het mkb. Er is een gratis startpakket voor eenvoudige administratie. Voor uitgebreidere boekhoudfuncties, zoals een bankkoppeling en elektronische btw-aangifte, heb je een betaald abonnement nodig.

Voordelen:

• Veel automatiseringsmogelijkheden met de Boekhoudbot
• Gratis startpakket beschikbaar
• Bankkoppeling beschikbaar bij betaalde pakketten
• Btw-aangifte elektronisch indienen
• Inkomstenbelasting indienen vanuit Jortt
• Mobiele app voor onder andere urenregistratie en bonnetjes

Nadelen:

• In het gratis startpakket zitten niet alle boekhoudfuncties
• Het ZZP-pakket is beperkt tot 250 boekingen per maand
• Voor uitgebreidere automatisering en functies heb je een duurder pakket nodig
• Aan de Shopify-koppeling zijn afzonderlijke kosten verbonden

Beschikbaar voor: Webapplicatie (cloud) en mobiele app

Mobiele app: Android, iOS

Prijs: Gratis startpakket of vanaf € 19,95 per maand voor Jortt ZZP

Gratis proefperiode: 30 dagen

Shopify-app of integratie: Ja

4. Rompslomp

Rompslomp is een toegankelijk online boekhoudprogramma voor zzp’ers en kleine bedrijven. Je kunt er facturen en offertes mee maken, uitgaven verwerken en je btw bijhouden. Met de uitgebreidere pakketten kun je ook gebruikmaken van functies zoals Scan & Herken, automatische bankkoppelingen en het direct versturen van je btw-aangifte.

Rompslomp biedt verschillende pakketten, waaronder een gratis startpakket voor ondernemers met een kleine administratie. Voor uitgebreidere boekhoudfuncties kun je kiezen uit verschillende betaalde abonnementen.

Voordelen:

• Gratis startpakket beschikbaar
• Facturen en offertes maken en versturen
• Btw-aangifte direct vanuit het programma versturen bij geschikte betaalde pakketten
• Automatische bankkoppeling beschikbaar
• Scan & Herken voor het verwerken van bonnetjes en facturen
• Shopify-koppeling beschikbaar

Nadelen:

• Het gratis startpakket heeft beperkte mogelijkheden
• Het Basic-pakket is beperkt tot 10 facturen en 10 uitgaven per maand
• Voor onbeperkt factureren en uitgaven verwerken heb je een uitgebreider pakket nodig
• Aan de Shopify-koppeling zijn afzonderlijke kosten verbonden

Beschikbaar voor: Webapplicatie (cloud) en mobiele app

Mobiele app: Android, iOS

Prijs: Vanaf € 13,50 per maand voor het Basic-pakket. Er is ook een gratis startpakket en een Puur Factuur-pakket vanaf € 7,95 per maand.

Gratis proefperiode: Gratis proefperiode beschikbaar voor betaalde pakketten

Shopify-app of integratie: Ja

4. Yuki

Yuki is een online boekhoudplatform voor ondernemers en accountants dat sterk inzet op automatisering. Het programma automatiseert onder andere de herkenning en verwerking van documenten en biedt verschillende dashboards om inzicht te houden in je administratie.

Met de Yuki Assistant-app kun je onderweg bonnetjes en facturen scannen en uploaden. De gegevens worden vervolgens gesynchroniseerd met je administratie en de omgeving van je accountant. Yuki biedt daarnaast koppelingen met meer dan 100 andere applicaties.

Voordelen:

• Veel automatiseringsmogelijkheden
• Automatische herkenning en verwerking van documenten
• Samenwerken met je accountant binnen het platform
• Mobiele app voor het scannen en uploaden van bonnetjes en facturen
• Meer dan 100 integraties beschikbaar
• Shopify-koppeling beschikbaar

Nadelen:

• Betaalde pakketten zijn duurder dan sommige andere boekhoudprogramma’s in deze lijst
• Het Small-pakket is beperkt tot 75 in- en verkoopfacturen per maand
• Het gratis Minimal-pakket is alleen bedoeld voor het aanleveren van documenten
• Aan de Shopify-koppeling zijn aparte kosten verbonden

Beschikbaar voor: Webapplicatie (cloud) en mobiele app

Mobiele app: Android, iOS

Prijs: Gratis Minimal-pakket voor het aanleveren van documenten of vanaf € 23,50 per maand voor het Small-pakket

Gratis proefperiode: Nee; er is een gratis Minimal-pakket beschikbaar

Shopify-app of integratie: Ja

Welk boekhoudprogramma past bij jouw bedrijf?

Welk boekhoudprogramma het beste bij je past, hangt af van wat je nodig hebt. Kijk bij het vergelijken van verschillende programma’s altijd naar de prijs, hoe makkelijk het programma is in gebruik en de functies die jij belangrijk vindt.

Denk ook aan automatische bankkoppelingen, facturatie, belastingaangifte en integraties met Shopify en andere software die je gebruikt. Voor de ene ondernemer zijn uitgebreide rapportages belangrijk, terwijl een ander vooral tijd wil besparen door zoveel mogelijk te automatiseren.

Maak indien mogelijk gebruik van een gratis proefperiode, zodat je verschillende boekhoudprogramma’s kunt uitproberen voordat je een keuze maakt.